Generellt sett går det bra. Det finns dock ett par viktiga aspekter som måste beaktas. I en dricksvattenbrunn monteras vanligen en dränkbar pump nära brunnsbotten - i en energibrunn löper kollektorslangarna från marknivån nästan ända ner till botten. För att båda systemen skall få plats krävs det borrhål av något större diameter än vanligt. När värmepumpanläggningen är igång, avkyls vattnet i brunnen, vilket i sin tur leder till att det åtgår mera energi för att värma upp detta vatten, exempelvis för dusch eller matlagning. Det betyder att en del av den energivinst man får i sin värmepumpanläggning försvinner. En annan viktig faktor är förändring av borrhålets aktiva djup. Då vattennivån i brunnen sänks i samband med vattenuttag (i samband med bad), minskar den aktiva borrhålslängden, vilket direkt påverkar tillgången på värmeenergi. I brunnar med låg tillrinning kan detta resultera i avsevärd sänkning av systemets kapacitet. Slutligen kan ett praktiskt problem nämnas. I en kombinerad dricksvatten-/energibrunn monteras kollektorn så att den hänger fritt ovanför pumpen, för att inte skadas av pumpens rörelser. Vid pumphaveri måste kollektorn tömmas på kylvätska och lyftas upp innan pumpbyte kan ske. Det för med sig att hela kollektorinstallationen måste göras om, kylsystemet fyllas på nytt osv. Hela denna procedur ökar naturligtvis risken för att skada kollektorslangen.